1885年（明治18年、コレラ防疫など防疫体制の強化を図るため、当時の主要6港（函館・横浜・神戸・下関・長崎・新潟）に最初の常設消毒所を建設したそうです。

1896年（明治29年、「函館検疫所」と改称され、1945年（昭和20年）には、敗戦により樺太などからの引揚者の検疫にあたり、医療や救護に活躍したそうです。

1968年（昭和43年）、検疫所は市内海岸町に落成した「港湾合同庁舎」内に移転しましたが、1992年（平成4年）にこの施設も廃止されたそうです。
施設の中で唯一残ったこの事務所は、全国的にも数少ない初期港湾施設の遺構として、平成1989年（平成元年）に、市の景観形成指定建築物と指定されたそうです。

現在は、カフェ（ティーショップ夕日）としても利用されています。カフェの営業は、10：00から日没で、定休日は木曜日、第2と第4の水曜日、冬期休業は12月中旬から3月中旬です。