北海道内の縄文時代の遺跡として最大規模で、縄文時代早期前半（約9000年前）の墓制・駒ヶ岳噴火による集落断絶・後期初頭の盛土遺構から後期後半（約3500年前）に至るまでの縄文集落の変遷と生活痕跡が確認できる遺跡の一つです。

ガイダンス施設として、「函館市縄文文化交流センター」が併設しています。

「北海道・北東北の縄文遺跡群」の構成資産の一つとして、2021年（令和3年）に世界遺産への登録が決定しました。

公開は4月から10月（9時00分～17時00分）・11月から3月（9時00分～16時00分）で、休場は12月29日から1月3日です。