全国的に珍しい貝類を専門とした博物館で、二枚貝をイメージした建物と海底をイメージした建物で構成しているそうです。

展示している標本の殆どは、日本全国の市町村や個人から寄贈されたものだそうで、常時1,500種・5,000点の標本が展示のほか、海の生物を直接触れるタッチプール・近海で水揚げされた魚類の生態展示・実物を見る機会が少ないクリオネの生態も展示（期間限定）しています。

館内の中央には、今から約5億年前のオルドビス紀に繁栄し貝類の祖先として考えられている「チョッカクガイ」の等身大模型が置かれています。

また、100インチのスクリーンによる3Dシアターで、貝について紹介した映像を見ることができます。

開館は午前9:00時から午後5:00で、休館日は 月曜日・祝祭日の翌日です。（11月から翌年3月までは冬期休館）