今から約1300年前（5～9世紀に栄え、忽然と消えた北方の民「オホーツク人」の謎を研究する施設で、網走川の河口近くの高台に所在します。

「モヨロ貝塚」を保護するため、「網走市立郷土博物館」の分館として1966年（昭和41年）に設けられた施設で、知られざる「オホーツク文化」を「住居」・「墓」・「貝塚」のテーマに沿って展示・紹介しています。

見所は、実際に発掘した墓をそのまま保存展示する「墓域展示室」です。

このモヨロ貝塚館では地下に掘りこまれた展示室にて遺物や貝塚、人骨の埋葬の様子を発見当時の状況で復元・展示し、その独特な墓や祭壇など特徴的な埋葬形態や生活の様子を紹介しています。

公開は9:00から17:00で、休館日は祝日・月曜日・年末年始(12月31日～1月5日)です。