かつて旧・日本国有鉄道（国鉄）及び北海道旅客鉄道（JR北海道）が運営していた「幌内線」の駅で、
幌内線の廃止に伴い、1987年（昭和62年）7月13日に廃駅となりました。

「幌内線」は1882年（明治15年）、石炭輸送のため小樽（手宮）から幌内間に敷設された北海道で最も古い鉄道路線（国内3番目）で、「萱野駅」は1913年（大正2年）に開設され、1987年（昭和62年）に「幌内線」の廃止と共に役目を終えましたた。廃止直前の「幌内線」は、「岩見沢駅」で函館本線から分岐し、三笠市の「幾春別駅」とを結ぶローカル路線として運行されました。

現在の萱野駅は、2001年（平成13年）年に地域住民の活動によって再生され、旧駅舎の内部を宿泊施設に改装し、ライダーハウスとして開放されています。